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急性期医療施設として緊急手術や悪性疾患に対する外科治療を行っています。腹腔鏡下手術は、胃癌や大腸癌といった悪性腫瘍のほか、虫垂炎や胆嚢炎、鼠径ヘルニアに対する手術も行っています。高齢の患者さんが多く、単に外科手術を行うのではなく、術後のリハビリやケアについても個々のケースに合わせたきめ細かい診療を行うよう心がけています。

呼吸器疾患の外科治療や甲状腺疾患の診療を行っています。外来は週5日（午前は月曜から金曜、午後は月曜と金曜）、呼吸器疾患の精査や手術後の経過観察・補助化学療法といった診療を行っています。当院・他院を問わず、胸部レントゲン検査異常の精査も行っています。甲状腺疾患の精査や外科的切除・術後観察も可能です。
呼吸器領域の手術は鏡視下手術（胸腔鏡：VATS）が大半を占めています。従来高齢や肺気腫・循環器疾患等で手術適応外となっていた患者さんも、循環器内科やリハビリ科等のバックアップを受けながら手術を行うことが可能になっています。胸腔鏡手術は低侵襲な手術手技であり、基礎疾患がない場合は手術当日に離床訓練と飲水を開始します。ご本人の希望次第では、手術後約3日で自宅退院が可能です。
呼吸器領域の腫瘍性疾患（主に肺癌）は非常に予後不良な疾患で、早期発見・早期治療が重要です。検診の胸部レントゲン写真では見つからないような非常に淡い影（すりガラス陰影）や極めて小さい肺癌を早期に発見するために、積極的な胸部CTでの精密検査が必要です。肺癌を早期に発見することで、一人でも多くの方が肺癌から根治できるように取り組んでいます。

主に血管外科疾患の外科治療や診療を行いつつ、フットケアに関わる疾患についても処置や診療を行っています。閉塞性動脈硬化症等の虚血に関しては、循環器内科とも連携して診療に当たっています。下肢静脈瘤は、局所麻酔での手術により、高齢者に対しても安全に手術治療を行うことができます。フットケアにまつわる褥瘡やうっ滞性潰瘍・糖尿病性壊疽等は入院加療にも対応しています。なかでも難治性潰瘍や褥瘡には、局所陰圧閉鎖療法も行うことで早期治癒を目指しています。
閉塞性動脈硬化症や静脈瘤等は外科治療後の再発も多いため、継続して診療に当たることで、早期発見・早期治療に取り組んでいます。

乳腺疾患の検診・外来診療・外科治療・薬物治療を行っています。基本的に外来は月曜から木曜で予約診療です。診察・MMG・US・MRI・組織診断により、乳がんの早期発見・早期治療を目指しています。乳房全摘術、乳房部分切除術、乳腺腫瘍摘出術など、 腫瘍の位置・大きさにより患者様と相談して手術方法を決定します。手術では可能な限り整容性を大切にする手術を提案します。丁寧な診察と説明をし、複雑化する治療の選択肢を共有しながら、一人ひとりの患者さんにあった治療方針 shared decision makingを提供・実践します。

2021年8月から現在のチームで診療を開始しており、まだ歴史の浅い脳外科チームです。現在、甲賀病院脳神経外科の常勤医は5名で、全員が脳神経外科専門医です。時間外についてはオンコール対応としていますが、オンコール当番を昼出勤とすることで、時間外診療の負担を軽減しています。
直達開頭手術と血管内治療に対応していますが、血管内の専門医が4名いることもあって、血管内治療に軸足を置いた診療を行っています。当然開頭手術が必要とされる場面では躊躇なく開頭手術を行いますが、『救急でも低侵襲治療で出来ることは低侵襲治療で』と考えています。人員が潤沢でない地方の救急病院では医師も含めメディカルスタッフの負担軽減は重要な課題です。その意味でも血管内治療の果たす役割は小さくないと考えています。人的資源を有効活用し、手厚くすべきところと省くべきところ、メリハリを付けた脳外科診療を心がけています。

2018年から慢性疾患（膝関節・股関節・腰椎）の手術を開始、外傷では高齢者に多い椎体骨折に対してBKPやPPS等による固定を行っています。早期離床や早期リハビリに移行できるようにするとともに、関節リウマチに対して生物製剤等を駆使して早期治療・早期寛解を目指しています。2019年10月より膝の再生医療を開始しました。

近年、手術はより低侵襲かつ正確な技術が求められるようになっております。前立腺がんに対する前立腺摘除術も従来の開腹手術から腹腔鏡下手術、そしてロボット支援下手術へと進歩してきました。ロボット支援下手術の最大のメリットは、従来の開腹術と比較し、手術中の出血、術後疼痛や尿失禁の軽減、勃起能温存に優れ、入院期間の短縮、早期社会復帰が図れることです。2024年4月より新たに泌尿器科医師3 名が加わり、常勤医師1 人体制から4 人体制に変わりました。当院でもロボット支援下手術を含めた外科的治療を積極的に実施できる体制に強化しております。専門病院だからこそ積み重ねることができる経験と実績を基に、個々のスキル向上とチームとしての総合力を培っています。
また、ロボット支援下手術以外にも力を入れているのが、結石治療です。閉塞性尿路感染症に対する緊急ドレナージ術をはじめ、治療難易度の高いサンゴ状腎結石や寝たきり患者の多発性・感染性尿路結石まで、適応を拡大して、積極的にストーンフリーを目指しています。
さらに、多職種スタッフとともに排尿ケアチームを立ち上げ、入院患者さんの『包括的排尿ケア』を行っており、自己導尿指導や排尿自立支援に取り組んでいます。今後は、抗凝固剤の休薬困難を理由に、前立腺肥大症治療を避けられてきた患者さんに対して、休薬を必要としないCVP（接触式レーザー前立腺蒸散術）の導入も検討しています。